Да куда Же пропадает Харон по сюжетной линии а?
Ввиду того, что ТТ2 разрабатывались как предыстория оригинальных "ТЧ",
где Харон жив и здоров и с ним встречаемся в конце игры в Припяти.
то, соответственно, в предыстории он по сюжету (если проходить именно по-сюжету)
исчезает в неизвестном направлении, как только появляется опасность для его жизни.